胡庆余堂是我国唯一的中药专业博物馆，座落在风景秀丽的杭州吴山脚下，是在百年老店胡庆余堂古建筑的基础上创建，占地面积2700平方米。博物馆分别由陈列展厅、中药手工作坊厅、养生保健门诊、营业厅和药膳餐厅等五大部分组成。

胡庆余堂是清同治十三年（1874年），由著名红顶商人胡雪岩集巨匠、摹江南庭院风格，耗白银三十万两建造，整座建筑犹如仙鹤停驻在吴山脚下。胡庆余堂以宋代皇家药典为基础，收集其他传统药方，结合临床经验，编写出《胡庆余堂雪记九散全集》；在全国名药材产地设庄，精选地道药材，保证质量，因此而久负盛名。

胡庆余堂由三进院落组成。门厅位于大井巷北口，坐西向东。主体建筑南北向布置，从门厅经转折长廊，进入营业大厅，二、三进建筑分别为管理用房、药材加工场和库房。头进与二、三进由封火墙相隔，中为长生弄。整个建筑按营业需要，吸取了江南住宅园林的特点，布局合理，雕刻华丽，是国内难得的、集江南建筑之长的清代前店后作坊式建筑，也是杭州百年老店中仅有的古建筑。

20世纪80年代初对古建筑进行全面修缮，将营业销售、传统产品加工生产、中成药发展史及胡庆余堂历史陈列三者融为一体，形成一座颇具特色的专题博物馆，为杭州著名胜迹，全国重点文物保护单位。