神秘谷，在天池峰南，又称司元（玄）洞。天柱山最神秘处堪称神秘谷，一是因谷奇，二则自古就有许多神秘传奇故事。

神秘谷石由龙宫、迷宫、逍遥宫等组成，自龙吟虎啸崖入口，穿过五指峰，紧傍飞来峰，环绕衔珠峰，直达渡仙桥，全长400多米，落差100多米。从外面上看神秘谷，一谷乱石堆而已，而近百石洞全在迭石巧堆之中，游客再多，只闻其声，难见其人。谷内洞上有洞，洞里有洞；有的相连，有的间隔；疑无路时便是路，看是道处却迷途；洞宽处容人无数，河底卵石清晰可见；洞低处人必须葡行，一人挡道全洞漆黑；洞大时数人并步，可坐石小憩；壁陡处上下相连，手足并用；阴森处凉气袭人，七弯八拐忐忑不安；明亮时泉水叮咚，松吟鸟鸣。

道家视此地为洞天福地，道书称之为第十四洞天。旧志称此洞“空邃可容万余武，下有水晶岩，直通沧海。后呼为总官洞。