舟山机场由政府投资，产权属舟山市政府，内部实行企业化管理。舟山民航局（舟山航站）为市政府直属正处级全民事业单位，一个机构两块牌子。1998年4月舟山朱家尖机场更名为舟山普陀山机场。1998年4月组建舟山普陀山机场有限公司、舟山市民航发展有限公司，共有员工270人（其中机场公司150人），隶属舟山市民用航空管理局。

普陀山机场有限公司下设航行气象、通信导航、动力修建、安全检查、运输服务、油料供应、机务保障、消防保安分公司。舟山市民航发展有限公司下设客货运输、航空旅游、地面服务、民航建筑、广告装饰、建设实业、航空设备工程、岛际航空服务、北京普陀影视、上海海天包机、民航加油站、民航汽车修理厂。

1998年，实施单位内部运行机制改革，主要内容包括人事、工资改革，实行全员劳动合同制，打破了过去行政、事业和临时工之分，采取岗位竞争、职务竞聘。有技术、有能力、符合岗位要求和任职条件者就能聘任。实行与岗位、职务、学历挂钩的综合计时工资制，体现多劳多得、多能多得、多贡献多得分配原则。

2000年2月，舟山市民航发展有限公司所属10家公司进行转（改）制，按《公司法》要求，登记注册。